Село Кутугерци се намира в планински район, в географската област Каменица, в Чудинската планина, по левия долинен склон на река Бистрица и притока и река Коприва, на 25 км западно от гр. Кюстендил.
Селото е разпръснат тип, образувано от махали: Поповска, Средна, Каменски дол, Бабаянска.
През годините селото принадлежи към следните административно-териториални единици: Община Долно село (1883-1958), община Жилинци (1958-1959), община Долно село (1959-1978), община Гюешево (1978-1983), община Гърляно (1983-1987) и Община Кюстендил (от 1987 г.).
Няма запазени писмени данни за времето на възникване на селото. Останките от праисторическо, тракийско, късноантично и средновековно селище свидетелстват, че района е населяван от дълбока древност.
Името на село Кутугерци се свързва с разпространението на богомилството през средните векове.
В края на турското робство близо половината от къщите са били кесимджийски, което наложило дълго след Освобождението хората да заплащат земите си, придобити по нечестен начин от турците, чрез Българска земеделска банка, по първоначална оценка от 1885 г.
През 1866 г. в селото има 13 домакинства със 70 жители.
В края на XIX век селото има 7566 декара землище, от които 3177 дка гори, 3032 дка ниви, 55 дка естествени ливади и др. Основен поминък на селяните са земеделието (ръж, ечемик и овес), животновъдството и домашните занаяти. Има 3 воденици и бакалница.
През 1895 г. е построена църквата „Свети Йоаким Осоговски“, през 1921 г. е открито училище.
През 1943 г. в селото се отглеждат 1268 овце, 39 кози, 221 говеда, 63 коня, 1 магаре, 76 свине и 447 домашни птици.
През 143 г. в местността „Рикачев дол“ са залесени 42 дка акация, бял и черен бор, през 1940 г. в местността „Попов дол“ – 150 дка с бор, през 1944 г. – 80 дка с бор, през 1945 г. в местността „Рикачев дол“ – 20 дка с бор, през 1946 г. в местността „Селската гора“ – 80 дка с бор, през 1950 г. в местността „чуклето“ – 150 дка с бор.
През 1958 г. заедно със селата Гурбановци и Леска е учредено ТКЗС „Заря“, което от 1961 г. е в състава на ДЗС – с.раненци, а от 1979 г. – в състава на АПК „Румяна войвода“ – с. Гърляно.
Селото е електрифицирано (1966) и водоснабдено (1967). Построени са нови обществени и частни сгради.
