Село Шишковци се намира в Кюстендилската котловина, на 6 км североизточно от Кюстендил, на жп линията София – Кюстендил.
През годините селото принадлежи към следните административно-териториални единици: Община Шишковци (1949 – 1958), Община Драговищица (1958 – 1959), Община Раждавица (1959 – 1978), Община Драговищица (1978 – 1987), Община Кюстендил (от 1987 г.).
Няма запазени писмени данни за времето на възникване на селото. Останките от антично селище и некропол, открити източно от селото, тракийските надгробни могили от римската епоха, свидетелстват, че районът е населяван от дълбока древност.
Шишковци е старо средновековно селище. На 28 юли 1330 г., в битката при Велбъжд, която се развила в близост до село Шишковци, между българската войска, водена от цар Михаил III Шишман Асен (1323 – 1330) и войската на Сръбското кралство, предвождана от крал Стефан Урош III Дечански (1321 – 1331), войската на Търновското царство претърпява тежко поражение, а цар Михаил Шишман е тежко ранен и три дни по-късно умира. Спомен от тази битка е името на местността „Шишманица“ в селското землище.
В турски данъчни регистри от 1570 г. е записано под името Шошковци и Шушковци към кааза Ълъджа (Кюстендил). В руска триверстова карта от 1878 г. е с името Шишковци.
Преди Освобождението Шишковци било почти изцяло чифлишко село, с десетина раетски къщи, които притежавали само около 5% от обработваемата земя. В селото турци не са живели, турците-чифликчии живеели в гр. Кюстендил. Селската земя била разпределена в 9 турски чифлика. След Освобождението местните селяни постепенно изкупили чифлишките земи от изселилите се турци.
През 1878 г. е открито начално училище, през 1922 г. основно училище, построена е нова училищна сграда (1935).
През 1895 г. е построена енорийската църква „Свети Архангел Михаил“. Строител на храма е дебърският майстор Серафим Йосифов Дебралия, подписал се на западната стена като „СИ М 1895“. Храмът е изписан от Евстатий Попдимитров. На иконата на Свети Георги Попдимитров оставя подпис: „1895 Ик. писец Ев. п. Димитров“.
В края на XIX век селото има 4469 декара землище, от които 274 дка ниви, 72 дка естествени ливади, 373 дка овощни и зеленчукови градини, 427 дка лозя, 424 дка селска мера и др. Основен поминък на селяните са земеделието, овощарството и животновъдството. Развити са домашните занаяти. В селото има 2 бакалници и 2 воденици.
През 1900 г. се учредява първата в Кюстендилска околия Земеделска дружба с председател Андон Виячев.
През 1908 г. е основано шишковското народно читалище „Наука“, през 1920 г. – Кредитна кооперация „Лоза“.
Открита е жп спирка (1921), а по-късно – жп.гара Шишковци (1935).
През 1925 г. е създаден синдикат за напояване и отводняване на селата Шишковци, Раждавица, Перивол и Копиловци.
Селото е електрифицирано (1935) и водоснабдено (1960). През 1942 г. се създава поща.
През 1950 г. е учредено ТКЗС „Ив. Вл. Мичурин“, което от 1979 г. е в състава на АПК „Драговищица“ – с. Драговищица. Селото се благоустроява, строят се множество нови частни и обществени сгради: стадион (1956), дом за деца и юноши (1961), търговско административна сграда, фелдшерски пункт. Голяма част от улиците са асфалтирани.
В селото е живял и творил известният художник Владимир Димитров-Майстора. В селото има няколко обекта, свързани с живота и делото на Майстора. През 1972 г. е изграден центърът с дом-паметник на Владимир Димитров-Майстора, а през 1982 г. се открива и къща музей на художника.
