Село Зелениково е разположено в южните склонове на най-високата част от Източна Сърнена Средна гора. Районът на селото е бил обитаван от тракийското племе беси. В подножието на хълма Гьолтепе са открити големи делви и работилница за делви от тракийския период, а така също римски монети. Как се е наричало селото в тракийския и римския период, имало ли го е тогава и на кое място не е известно. Носи се легенда, че от герана Бабунар почти до хълма Аитепе на протежение от няколко километра се е простирало непроучено, значително по размери селище. Има логически основания да се предполага, че е възможно това да е средновековното селище Белятово. Според историците част от сегашното землище на с. Зелениково е влязло в границите на българската държава по време на управлението на кан Крум (800 – 814 г.г.). Територията източно от протичащата през с. Зелениково Рахманлийска река (река Гюл дере), която по онова време, поради вековните гори, е била със значително повече вода, е влизала в България, а територията западно от реката оставала във Византия.
По време на управлението на кан Маламир (831 – 836 г.г.), цялата територия на селото влиза в границите на българската държава. През 1208 г. българският цар Борил е дал решително сражение на рицарите кръстоносци на 1 – 2 километра южно пред сегашното с. Зелениково. Дали селото е съществувало в този период и на сегашното място, не се знае, но убитите българи са били погребани на източния бряг на реката, а убитите кръстоносци в т.нар. „елински гробища“ в южното подножие на хълма Сакартепе.
От документи оставени от местния учител Тодор Георгиев Гогов, писани преди 1944 г., предполагат, че сегашното село Зелениково, област Пловдив е създадено преди повече от 700 години от цар Иван Шишман чрез преселване на население от Търновския край за създаване на опорни пунктове, снабдителни бази на войската отвъд Стара планина за отпор на нахлуващите турски войски. Няма данни за името на селото по това време. Тази версия буди съмнения, защото когато турците завладяват района, в землището на с. Зелениково заварват 5 действащи манастира, разположени в кръг от 5 – 6 километра един от друг, които опожаряват: манастирът „Свети Илия“ на връх Сакартепе, манастирът „Свети Спас“ в Дъмлалий, манастирът „Света Троица“ на връх Юнчал, манастирът „Свети Костадин“ на връх Гьолтепе. На стотина метра от северозападния край на селото е било разположено манастирището „Свето Възнесение“. Едва ли толкова много манастири са обслужвали безлюдна местност.
През турското владичество селото се е казвало Хамзаларе на името на владеещия го турски бей Хамза. МЗ № 2820/обн. 14 август 1934 г. – преименува с. Хамзаларе на с. Зелениково.
В селото има следи от много стар водопровод от глинени тръби с три чешми, строен преди повече от 300 години. В „Списък на селищата и брой на немюсюлманските домакинства в района на Пловдив и Пазарджик предвид облагането им с данък „джизие“. 28.02.1651 г.“ е записано, че село Хамзалари има 52 ханета.
„Джизие (харадж)“ е паричен данък, събиран като правило в полза на държавата от мъжкото немюсюлманско население на Османската империя. До 1690 г. джизието било изисквано от всяко немюсюлманско домакинство. „Джизие хане“ е облагателна единица за събиране на данъка джизие. През ХVII-то столетие джизие хането съответствало най-често на мъж, жена и техните незадомени деца. С оглед на демографските проучвания джизие хането се приема средно като петчленно семейство. По време на османското владичество селото е преживяло 3 големи чумни епидемии.
„Нахията“ е териториална единица с районен център и около десетина села към него, приблизително съответстваща на сегашната „община“. През всичките години на османската власт, чак до 1850 г. с. Зелениково е било по-голямо, по-богато и по-развито от сегашния районен център с. Брезово.
В началото на османската власт село Зелениково е било голямо селище в района на Пловдив, второ от посочените след с. Аджар – районният център на нахия Караджадаг по онова време.
До 1820 г. в с. Зелениково съществувала някаква частна училищна дейност. Основата на истинско училище полага даскал Георги Иванов, който от 1820 г. до 1838 г. води занятията в собствената си одая. През 1838 г. занятията се преместват в новопостроената училищна сграда в църковния двор.
Йоаким Груев в „Уроци по естествено гражданско и изчислително земеописание“ (1870 г., с. 68) пише, че нахия Караджадаг (така турците са наричали района на нашата Сърнена Средна гора) е с 3 главни села: Аджар (с. Свежен), Абрашлар (с. Брезово) и Хамзалар (с. Зелениково). В брой 32 на в-к „Македония“ от 10.08.1871 г., редактиран от П.Р.Славейков, се дават сведения, че с. Амзалари (Зелениково) е със 180 къщи чисти българи, с една църква и едно училище, което посещават през летните дни около десетина момчета, а зимно време се събират от 80 до 90 деца.
Исторически известно е, че апостолът на българската свобода Васил Левски е посещавал с. Зелениково на 07.03. 1872 г., похарчил е в селото 10 ½ гроша и е организирал таен революционен комитет. Това е записано в личното тефтерче на Апостола. Старозагорското въстание е било задушено в самия зародиш, а отговорникът Димчо Стаев за с. Хамзаларе заловен и обесен. Априлско въстание в района не е избухнало. Селото е дало един четник Стоян Енев Шекерджията (истинското му име е Пеню Енев Еневски) в Четата на Таню Стоянов, преплувала Дунава в помощ на Априлското въстание на 16.05.1876 г.
В Освободителната война селото е дало 4 души опълченци. Във войните 1912/1913 г. и 1915/1918 г. Зелениковци дават 16 души убити офицери и подофицери и 47 души убити редници. Със Заповед № 2820/ 09.08.1934 г., публикувана в Държавен вестник № 109/ 14.08.1034 г. с. Хамзаларе е преименувано на с. Зелениково.
През 30-те години на ХХ-я век на 2 – 3 километра над селото в реката братя Шипкови изграждат голяма фабрика за дестилация на розово масло, която стои работоспособна. Тя е оборудвана с оригинални френски дестилационни апарати, проектирани по технология актуална и до днес.
След 1944 г., фабриката е национализирана и продължава активна работа до 70-те години. Обявена е за паметник на културата от национално значение. Към момента фабриката е реституирана и работи активно. Може да се каже, че тя е единствената запазена и работеща стара фабрика, по оригинална технология от началото на ХХ век и представлява ценен паметник за производството на розово масло. На 200 – 300 метра над нея в социалистическо време в края на 50-те години обединение „Българска роза“ изгради най-голямата в България и в Европа съвременна розоварна фабрика. След колективизацията населението прогресивно намалява, в края на 70-те години на ХХ век училището е закрито, поради липса на деца. Дворът и сградите на училището са превърнати в дом за отглеждане и възпитаване на деца, лишени от родителски грижи.
