Село Бисер е разположено между градовете Харманли и Любимец. Със старо име Инджелии селото е в пределите на България от 1885 г., а през 1906 г. е преименувано с указ 462 от 21 декември. Някои автори свързват името на селото не само с точния превод на турската дума „inci“ – бисер, но и със с. Бисерча – място на действието в поемата „Изворът на Белоногата“ от П. Р. Славейков.
Центърът на предишното село е бил на около 300 м от сегашния. Писмени сведения за селото има от 1592 г. Около 1336 г. в селото за пръв път стъпват турци, а през 1372 г. селото е завладяно от турците. По това време голяма част от българските семейства се разселват по Сакар и Родопите. Когато турците разбират на 17 януари 1878 г., че руските войски наближават селото, избягват в Турция, като отнесли всичко, което може да се вземе. При бягството си разбитите войски на Сюлейман паша отвлекли добитъка и покъщината на населението. Селото е освободено от руските войски привечер на 19 януари 1878 г. Придошлите след това от околните села българи масово изкупували имотите на турците. До Балканската война турците, макар и живеещи зад граница са имали имоти тук.
След Освобождението потомците на пръсналите се жители на селото се завръщат в с. Бисер, заселват се и преселници от други места.
Селото е опожарявано от турците три пъти, за последен път – през 1913 г., когато турците отново стигат до с. Бисер, и това е последното опожарено село в района. Било е по времето на жътва – турците струпали снопи в църквата и ги запалили. След този пожар оцеляват само 4 къщи, а хората се разбягали чак до Стара Загора.
Първото училище в селото било отворено през 1888 г. и първоначално в него се е преподавало на турски език. В сегашния си вид училището съществува от 1926 г., като на два пъти било пристроявано. Сегашната сграда на читалището е от 1964 г., като последното и пристрояване е от 1981-82 г.
На 6 февруари 2012 година става голямото наводнение на село Бисер след скъсване на язовирната стена на язовир Иваново, намиращ се до село Иваново (област Хасково). Вълна висока до 3 м залива село Бисер. Осем души загиват. Десетки къщи са разрушени.
